Jan Scheerer (geboren in Tübingen) begann, nach Studium der Physik und Philosophie, seine musikalische Ausbildung an der „Staatlichen Hochschule für Musik“ in Karlsruhe mit den Hauptfächern Orchesterleitung, Chorleitung und Musiktheorie bei Wolf-Dieter Hauschild, Martin Schmidt und Peter-Michael Riehm. Anschließend absolvierte er Aufbaustudiengänge am „Königlichen Musikkonservatorium“ in Kopenhagen in den Solistklassen Chordirigieren bei Dan-Olof Stenlund und Orchesterdirigieren bei Giancarlo Andretta, die er mit dem Konzertexamen abschloß. Meisterkurse mit bekannten Lehrern wie u.a. Eric Ericson, Morten Schuldt-Jensen, Uwe Gronostay, Cecilia Rydinger-Alin, Hartmut Haenchen, Frieder Bernius ergänzten seinen musikalischen Werdegang.
Jan Scheerer hat mit einer Reihe von kleineren und großen Ensembles gearbeitet und wurde als einer von zehn Teilnehmern weltweit für die aktive Arbeit an der „Eric Ericson International Masterclass on Choral and Orchestral Conducting“ ausgewählt, wo er u.a. mit Eric Ericsons Kammarkör und dem Helsingborg Symphonieorchester arbeitete.
Das „Königliche Theater“ in Kopenhagen engagierte ihn für zwei Opernproduktionen („Don Giovanni“ und „Lucia di Lammermoor“) als assistierender Dirigent. Im Sommer 2008 stand er der Choreinstudierung von Benjamin Brittens „War Requiem“ mit dem Dänischen Rundfunkorchester vor, das als Abschlußkonzert des „World Symposium on Choral Music“ live im Rundfunk übertragen wurde. Im Herbst 2009 engagierten die Göteborger Symphoniker ihn für zwei Produktionen als Choirmaster; zum einen Mahlers III. Symphonie für Sir Simon Rattle und zum anderen Brahms’ „Ein deutsches Requiem“ für Christian Zacharias. Im Oktober 2012 und im Oktober 2013 leitete er die Herbstphasen des Landesjugendchores Baden-Württemberg.
Vom Sommer 2008 bis 2011 unterrichtete er Chorleitung am Sommerseminar des Südtiroler Sängerbundes in Bozen. Seit 2012 organisiert er seine eigenen Meisterkurse für Chorleitung und Ensemblesingen. Von Oktober 2013 bis zum Juli 2015 unterrichtete er Chor- und Ensembleleitung an der Musikhochschule in Hannover und seit August 2015 ist er verantwortlich für den Chorleitungsuntericht am Königlich Dänischen Musikkonservatorium in Kopenhagen. Vom Sommer 2015 an wird er nach Südtirol zurückkehren als künstlerischer Leiter des Chorleiterseminars, außerdem unterrichtet er in Kursen und Workshops beim dänischen Amateurchorverband.
Er wurde 2003 von „Dan-Olof Stenlunds Stipendiefond” gefördert und gewann im selben Jahr den 1. Preise beim Kompositionswettbewerb „Friedrich Silcher“ mit seinem Chorstück „Im Frühling“. Im Sommer 2005 gewann er den dritten internationalen Wettbewerb für Chordirigenten „Mariele Ventre“ in Bologna.